Il museo accoglie la cospicua collezione del Vescovo Mons. Giuseppe Battaglia, appassionato d'arte, che raccolse nella sua vita soprattutto tele di provenienza locale e lombarda, oppure di proprietà della Diocesi e di altri Enti Ecclesiastici diocesani. La maggior parte dei pezzi erano destinati al culto e sono un esempio della tradizione religiosa locale filtrata dalla dimensione artistica di autori sconosciuti o ignoti, sia di notevole levatura che di tratto modesto o addirittura popolare.
I locali del Palazzo Vescovile che ospitano il museo sono essi stessi di alto prestigio storico: di notevole importanza sono i superstiti affreschi della sala magna del Vescovado, una delle più antiche testimonianze della pittura medioevale a Faenza.